深圳是中國經濟發達的城市之一，是眾多企業首選的落腳點。因此，在這座城市成立一家公司以便開展業務是非常普遍的。但是，有些人可能會遇到小產權房的問題，這會給注冊公司帶來一些困難。

首先，小產權房存在著法律問題。小產權房是在改革開放初期，針對需要離市中心近、低價的居民而設立的。小產權房與國家規定的產權法不符，其所有權并不能得到法律保障，因此在買賣、租賃、登記等方面都受到了很多限制。

在這種情況下，有兩種解決方法：一是進行房屋產權的轉讓，將小產權房轉變為商品房；二是在大產權房里購買商務用房，進行注冊公司。這兩種方法都需要一定的費用，因此選擇哪種方法需要根據實際情況做出決策。

其次，注冊公司需要一些費用。注冊公司的費用并不是工商局注冊的收費，而是找代辦公司幫忙代辦所需的跑腿費。一般來說，注冊公司的總費用在500元左右，但具體費用還要看所代辦的公司是否有優惠活動，并且注冊公司之后還需要做賬報稅，所以很多公司只收取做賬報稅的費用，注冊費用一般都是免費贈送的。

另外，注冊公司還會涉及到一些其他費用，如核名費用、商務掛靠地址費用和刻章費用等。其中，刻章是免費的，工商局直接將單子發給附近的刻章店即可，但是換章需要自己支付費用，根據換章的個數收取不等的費用。同時，做賬報稅的收費也各個公司不相同，一般小規模公司一年的做賬報稅費用在2000元左右，而一般納稅人需要支付更高的費用。

最后，注冊公司需要準備的材料包括公司設立登記申請書、公司章程、法人或自然人股東資格證明或身份證及其復印件、代理人身份證及其復印件以及住所使用證明。其中，各種證明和復印件的準備需要一定的時間和精力，因此需要提前準備好這些材料。

總之，對于想要在深圳注冊公司的人來說，小產權房可能會帶來一些困難，但是只要解決好這些問題，注冊公司并不復雜。而且，注冊公司對于開展業務來說至關重要，只有經過合法注冊的公司才能獲得更多的商業機會和市場空間，因此即使面臨一些困難，也要堅持下去。