日本公司在深圳注冊，需要準備相關的材料和費用，并按照以下步驟進行操作。

首先，需要選擇一個公司名稱，進行核名。核名可以通過互聯網進行申請，無需支付費用。但需要注意的是，公司名稱應當符合相關規定，具有獨特性和合法性。

其次，需要準備公司章程。公司章程是公司的法律基礎，需要明確公司的業務范圍、組織架構、管理制度等內容，并在法律規定下進行制定。

接下來，需要提供法人股東資格證明或者自然人股東身份證及其復印件。如公司注冊代理人需要提供身份證及其復印件。

在準備好以上材料之后，現場到深圳市工商局進行登記，領取營業執照、組織機構代碼證等相關證件。注冊公司還需要進行商務掛靠地址的選擇，商務掛靠地址一般需要年付費用900元起。同時，需要進行印章刻制，印章刻制可以在工商局的附近店家處完成，費用為200-500元左右。

注冊公司之后，需要進行做賬報稅的工作。做賬報稅的費用不同公司有所不同，一般小規模公司年費用在2000元左右，一般納稅人記賬報稅一年差不多是5000-6000元。如果需要開具發票或經常外出處理事務，價格會更高。

此外，注冊公司還需要去銀行開戶。去銀行開戶不收取費用，但找代辦公司幫忙代辦需要支付跑腿費。銀行每年會收取賬戶管理費，不同銀行定價標準不一樣，一般為數百元。

需要注意的是，如果公司不再運營，需要進行注銷，同時注銷銀行賬戶，以免產生欠費。

綜上所述，注冊日本公司在深圳并不復雜，但需要準備相關的材料和費用，按照步驟進行操作即可。