在中國的兩個主要經濟中心城市——深圳和上海，注冊公司的費用和流程都是相似的，但是兩個城市的創業環境和政策還是有一些不同的。

首先，深圳是一座以制造業起步的城市，而上海則以服務業和金融業為重。因此，如果你的公司業務主要是制造業，那么深圳是一個比較好的選擇；如果是服務業或金融業，上海則更有優勢。

其次，兩個城市的創業環境也有不同。深圳創業環境非常活躍，有很多創業活動和資源可以利用，投資者也比較多，但是競爭也比較激烈。上海則相對穩定，市場容量大，投資機會也不少，但是競爭相對較少。

政策方面，深圳政府一直注重扶持創業創新，推行了很多優惠政策，比如免費提供創業場地、創業貸款等。上海也有政策扶持，比如“科技創新行動計劃”等，但是相對深圳來說略顯不足。

總體來說，要根據自己的業務和需求來選擇在深圳還是上海注冊公司。如果你是一個初創公司，深圳可能對你更有利，但是如果你是一個已經有規模且希望穩定發展的公司，上海則是一個更好的選擇。

無論在哪個城市注冊公司，都需要注意費用和流程，避免被代辦公司亂收費。同時，也要注意政策變化和市場需求，及時調整經營策略。