深圳企業在注銷營業執照時需要特別注意的問題有很多，包括注銷流程、辦理方式、所需資料、時間及費用等方面。以下是一些值得注意的問題：

一、注銷流程需要嚴格遵守，按照公司的情況順序進行解散、清算、稅務注銷、銀行注銷和營業執照注銷等步驟，如果不按照流程操作，可能會導致一些不必要的麻煩。

二、注銷營業執照需要攜帶相關資料和申請表前往深圳市工商行政管理局進行現場審核和辦理，如果條件允許，還可以委托專業服務機構代為辦理。

三、注銷營業執照所需資料包括申請表、企業法人營業執照原件及復印件、稅務注銷證明原件及復印件、開戶銀行注銷證明原件及復印件、清算方案、法人身份證原件及復印件、注銷委托書（如委托代理注銷）以及其他相關證明文件。

四、注銷營業執照的時間會因為公司情況的不同而有所不同，一般需要2-5個月以上。如果是簡易注銷則需要20個工作日，而一般注銷則需要經過債權人公告45天等其他步驟，時間更長。

五、注銷公司的費用一般在2000-5000元左右，具體還要根據公司的情況而定，如果公司有異常的話費用會更貴。但是，放著不管不僅會讓公司被列入經營異常，還會對法人產生影響，因此企業注銷時一定要及時、規范地辦理。