在深圳進行企業注銷時，員工的勞動合同也需要相應處理。注銷企業必須履行勞動合同的解除手續，根據《中華人民共和國勞動法》和《企業職工辭職規定》，以下是深圳企業注銷中如何處理員工勞動合同的流程和注意事項。

一、注銷企業需履行的勞動關系解除手續

企業注銷的同時，必須解除員工的勞動關系，并依法支付相應的經濟補償和勞動報酬。具體包括以下內容：

1.與員工協商解除勞動關系并簽訂勞動合同解除協議；

2.辦理勞動合同的解除手續，包括協商一致解除、提前告知解除、經濟補償和相關手續等；

3.結算員工離職前的工資、年終獎、加班費、補貼等；

4.為員工辦理社保關系的轉移或退保手續；

5.領取或返還員工個人社保卡和住房公積金卡等。

二、注意事項

在注銷企業時，需嚴格按照法律法規辦理相關手續，以避免出現后期問題和法律風險。以下是需要注意的事項：

1.必須先結束勞動關系、結算員工工資和社保等關系后，才能進行企業注銷。

2.注銷前，要和員工按照法律規定進行協商，達成一致并簽署完整的解除勞動合同的協議。

3.注銷企業必須遵守相關稅務法規，完成企業的清算工作和稅務注銷手續，拿到稅務注銷證明后才能進行企業注銷。

4.如需委托專業服務機構代理注銷，一定要選擇信譽良好、有資質、經驗豐富的機構，并簽訂合同，以確保注銷效果和質量。

5.進行企業注銷需要一定時間，不應著急催促相關部門，應該在開始辦理時就制定好詳細的計劃和流程，并做好相應的準備工作，以確保注銷進度和時間。

總之，在深圳進行企業注銷時，處理員工的勞動合同是必不可少的，應根據相關法律法規和企業的實際情況，嚴格按照合法程序辦理。同時，對于員工的權益應堅持保護，確保合法權益得到充分保障。