對于營業執照已經注銷的深圳企業來說，如何處理其銀行賬戶也是一個需要考慮的問題。下面是一些相關建議：

1.提前通知銀行：在辦理營業執照注銷時，應該及時通知所持有的銀行。因為銀行會在開立賬戶時留下企業的注冊信息，并且賬戶注銷后，企業的信息仍然會留在銀行的系統中。所以，提前通知銀行可以讓他們做好相關的工作，防止賬戶被滯留。

2.停止賬戶的收支：在注銷營業執照后，企業的賬戶應該停止任何的收支，包括資金的收入和支出，避免不必要的經濟糾紛。

3.清空賬戶的資金：在賬戶停止收支后，企業需要盡快清空銀行賬戶上的全部資金，包括現金、支票等。如果企業涉及到債權人或債務人，企業應該先處理完相關事宜再清空賬戶，避免影響債權債務的解決。

4.注銷銀行賬戶：企業清空資金后，需要到所持有的銀行辦理賬戶注銷手續。這時需要提供營業執照注銷證明、企業法人身份證明、開戶許可證、銀行賬戶信息及相關手續等資料進行注銷。

5.保留賬戶復印件：注銷銀行賬戶后，企業應該妥善保管好完整的賬戶注銷證明，并復印相應的資料。這樣做可以避免賬戶信息遺漏或被篡改。

6.處理貸款賬戶：如果企業存在貸款賬戶，需要通過與銀行進行溝通，以解決貸款賬戶的還款問題。在溝通過程中，企業需要盡可能多提供相關證明材料，并根據銀行的要求進行相應的還款手續。

總之，對于深圳企業來說，注銷營業執照是一個復雜的流程，需要針對不同的情況進行不同的處理。對于銀行賬戶的處理，企業需要提前通知銀行，停止賬戶的收支，清空賬戶的資金，并及時注銷銀行賬戶，避免造成不必要的經濟損失和法律風險。