對于需要注銷的企業，股東的權益問題也是需要注意的。在清算過程中，股東的權益應該得到妥善處理，以保障其合法權益。一般情況下，注銷清算后，所剩下的資產將會按照法律規定的優先順序一一清償。其中，優先清償的是員工應有的工資、福利待遇及社會保險費用；而股東的權益排在優先清償債權人的之后。在處理股東權益時，需要注意以下幾點：

1.股東的股權應經過獨立評估，并在清算方案中明確標識出來；

2.在清償優先順序之后，剩余資產應全部或者按照比例分配給股東；

3.在分配剩余資產之前，應先清償清算過程中產生的各項費用、債務和稅款等；

4.對于有限責任公司，在資產分配時，應給予股東清晰明確的權利，包括股息、紅利等；

5.股東在清償過程中應給予合法規定和法律程序的尊重，不得侵犯他人的合法權益。

除以上注意事項外，注銷清算過程中還有一些特殊情況需要特別處理。比如，對于民營企業和家族企業，涉及到股東、子公司、集團等多層股權關系時，處理起來可能就會比較復雜。此時，需要根據實際情況和法律規定，進行細致的權益處理，協商對股權、資產、債權等進行科學公正的分配。

總之，在深圳企業注銷清算時，股東權益問題是不可忽視的。需要按照法律程序，合理、公正地處理股東權益，以維護公司依法規范、公平公正、誠實守信的形象，保障股東的利益。